PCR基因擴(kuò)增實(shí)驗(yàn)室建設(shè)
PCR基因擴(kuò)增實(shí)驗(yàn)室介紹和標(biāo)準(zhǔn):
PCR實(shí)驗(yàn)室又叫基因擴(kuò)增實(shí)驗(yàn)室。PCR是聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(Polymerase Chain Reaction)的簡(jiǎn)稱。是一種分子生物學(xué)技術(shù),用于放大特定的DNA片段,可看作生物體外的特殊DNA復(fù)制。通過(guò)DNA基因追蹤系統(tǒng),能迅速掌握患者體內(nèi)的病毒含量,其精確度高達(dá)納米級(jí)別。
PCR實(shí)驗(yàn)室必須建立嚴(yán)格的實(shí)驗(yàn)室管理制度、建立標(biāo)準(zhǔn)化操作程序(SOP)、建立系列質(zhì)量管理文件等,確保實(shí)驗(yàn)室日常運(yùn)行符合國(guó)家衛(wèi)生部的要求,確保檢測(cè)結(jié)果準(zhǔn)確、確保實(shí)驗(yàn)室衛(wèi)生安全,確保實(shí)驗(yàn)室長(zhǎng)期穩(wěn)定運(yùn)行.
PCR設(shè)計(jì)規(guī)范 /PRINCIPLES
配置原則 |
室全PCR線實(shí)驗(yàn)(高檔實(shí)驗(yàn)室) |
標(biāo)準(zhǔn)PCR實(shí)驗(yàn)室(中檔實(shí)驗(yàn)室) |
普通實(shí)驗(yàn)室(普通實(shí)驗(yàn)室) |
測(cè)序?qū)嶒?yàn)室(?茖(shí)驗(yàn)室) |
開(kāi)展項(xiàng)目 |
涵蓋了目前分子生物學(xué)能開(kāi)展所有項(xiàng)目,達(dá)到國(guó)內(nèi)甚至國(guó)際一流CR實(shí)驗(yàn)室水平。 |
檢測(cè)項(xiàng)目齊全,涵蓋了目前臨床需求的常規(guī)檢測(cè)項(xiàng)目,達(dá)到國(guó)內(nèi)PCR標(biāo)準(zhǔn)實(shí)驗(yàn)室的檢測(cè)水平。 |
臨床科室或小型醫(yī)院開(kāi)展PCR項(xiàng)目,檢測(cè)項(xiàng)目滿足臨床需求,達(dá)到或達(dá)不到國(guó)內(nèi)PCR標(biāo)準(zhǔn)實(shí)驗(yàn)室的標(biāo)準(zhǔn)。 |
開(kāi)展測(cè)序的所有檢測(cè)項(xiàng)目,達(dá)到標(biāo)準(zhǔn)PCR實(shí)驗(yàn)室水平 |
項(xiàng)目先進(jìn)性 |
除開(kāi)展常規(guī)的檢測(cè)項(xiàng)目外,還需開(kāi)展高端項(xiàng)目,如測(cè)序項(xiàng)目、超敏PCR項(xiàng)目、腫瘤檢測(cè)等高端項(xiàng)目。 |
開(kāi)展項(xiàng)目技術(shù)性能基本滿足臨床需求,達(dá)到國(guó)內(nèi)PCR標(biāo)準(zhǔn)實(shí)驗(yàn)室的檢測(cè)水平。 |
開(kāi)展項(xiàng)目技術(shù)性只能滿足科室或小型醫(yī)院的當(dāng)前需求,不具有先進(jìn)性。 |
國(guó)內(nèi)外最先進(jìn)的PCR測(cè)序檢測(cè)項(xiàng)目,達(dá)到個(gè)體化診療的需求。 |
人員要求 |
至少有兩人,除經(jīng)過(guò)普通PCR上崗培訓(xùn)外,要具有測(cè)序項(xiàng)目檢測(cè)實(shí)驗(yàn)及結(jié)果分析能力。 |
至少有兩人,除經(jīng)過(guò)普通PCR上崗培訓(xùn)外,要具有測(cè)序項(xiàng)目檢測(cè)實(shí)驗(yàn)及結(jié)果分析能力。 |
至少有兩人,除經(jīng)過(guò)普通PCR上崗培訓(xùn)外,要具有測(cè)序項(xiàng)目檢測(cè)實(shí)驗(yàn)及結(jié)果分析能力。
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至少有兩人,除經(jīng)過(guò)普通PCR上崗培訓(xùn)外,要具有測(cè)序項(xiàng)目檢測(cè)實(shí)驗(yàn)及結(jié)果分析能力。 |
PCR基因擴(kuò)增實(shí)驗(yàn)室技術(shù)參數(shù):
區(qū)域 |
壓力 |
溫度 |
相對(duì)濕度 |
照明 |
PCR走廊 |
+5-0Pa |
20-26度
|
40-60%RH |
主實(shí)驗(yàn)室≥300LX,其余房間20-300LX |
PCR試劑準(zhǔn)備區(qū) |
+10Pa |
|||
PCR樣品制備區(qū) |
+15Pa |
|||
PCR擴(kuò)增及擴(kuò)增產(chǎn)物分析區(qū) |
-15-250Pa |
基因擴(kuò)增檢驗(yàn)實(shí)驗(yàn)室平面布局
1)臨床基因擴(kuò)增檢驗(yàn)實(shí)驗(yàn)室區(qū)域設(shè)置原則
1、 試劑儲(chǔ)存和準(zhǔn)備區(qū)
2、 標(biāo)本制備區(qū)
3、 擴(kuò)增反應(yīng)混合物配制和擴(kuò)增區(qū)
4、 擴(kuò)增產(chǎn)物分析區(qū)(如使用全自動(dòng)分析儀,區(qū)域可適當(dāng)合并。)
2) 各工作區(qū)域必須有明確的標(biāo)記,避免不同工作區(qū)域內(nèi)的設(shè)備、物品混用。
3) 進(jìn)入各工作區(qū)域必須嚴(yán)格按照單一方向進(jìn)行,即試劑儲(chǔ)存和準(zhǔn)備區(qū) —>標(biāo)本制備區(qū)—>擴(kuò)增反應(yīng)混合物配制和擴(kuò)增區(qū)—>擴(kuò)增產(chǎn)物分析區(qū)。
4) 不同的工作區(qū)域使用不同的工作服(例如不同的顏色)。工作人員離開(kāi)各工作區(qū)域時(shí),不得將工作服帶出。
PCR擴(kuò)增檢驗(yàn)實(shí)驗(yàn)室原則上分為三個(gè)單獨(dú)的工作區(qū)域:試劑貯存和準(zhǔn)備區(qū)、標(biāo)本制備區(qū)、擴(kuò)增和擴(kuò)增產(chǎn)物分析區(qū)。為避免交叉污染,進(jìn)入各個(gè)工作區(qū)域必須嚴(yán)格遵循單一方向進(jìn)行,即只能從試劑貯存和準(zhǔn)備區(qū)→標(biāo)本制備區(qū)→擴(kuò)增和擴(kuò)增產(chǎn)物分析區(qū)。各實(shí)驗(yàn)區(qū)之間的試劑及樣品傳遞應(yīng)通過(guò)傳遞窗進(jìn)行。
(1)試劑貯存和準(zhǔn)備區(qū)
該實(shí)驗(yàn)區(qū)主要進(jìn)行的操作為貯存試劑的制備、試劑的分裝和主反應(yīng)混合液的制備。試劑和用于樣品制作的材料應(yīng)直接運(yùn)送至該區(qū),不得經(jīng)過(guò)其他區(qū)域。試劑原材料必須貯存在本區(qū)內(nèi),并在本區(qū)內(nèi)制備成所需的貯存試劑。對(duì)與氣流壓力的控制,本區(qū)應(yīng)對(duì)外界保持微正壓。
(2)標(biāo)本制備區(qū)
該區(qū)域主要進(jìn)行的操作為樣本的保存、核酸(RNA、DNA)提取、貯存及其加入至擴(kuò)增反應(yīng)管和測(cè)定DNA的合成。本區(qū)的壓力梯度要求為:相對(duì)于鄰近區(qū)域?yàn)檎龎海员苊鈴泥徑鼌^(qū)進(jìn)入本區(qū)的氣溶膠污染。另外,由于在加樣操作中可能會(huì)發(fā)生氣溶膠所致的污染,所以應(yīng)避免在本區(qū)內(nèi)不必要的走動(dòng)。
該區(qū)域主要進(jìn)行的操作為DNA擴(kuò)增和擴(kuò)增片段的測(cè)定。此外,已制備的DNA模板(來(lái)自樣本制備區(qū))的加入和主反應(yīng)混合液(來(lái)自試劑貯存和制備區(qū))制備成反應(yīng)混合液等也可在本區(qū)內(nèi)進(jìn)行。本區(qū)的壓力梯度要求為:相對(duì)于鄰近區(qū)域?yàn)樨?fù)壓,以避免氣溶膠從本區(qū)漏出。為避免氣溶膠所致的污染,應(yīng)盡量減少在本區(qū)內(nèi)的不必要的走動(dòng)。個(gè)別操作如加樣等應(yīng)在超凈臺(tái)內(nèi)進(jìn)行。
PCR區(qū)完成以后,需要分析樣品并解釋數(shù)據(jù),應(yīng)該留出一個(gè)專門(mén)用于反應(yīng)后處理樣品的地方。后PCR活動(dòng)中使用的所用試劑、一次性耗材和儀器都必須是專門(mén)用于這一目的,決不能把實(shí)驗(yàn)室這一區(qū)域的試劑或儀器用于任何前PCR活動(dòng)。產(chǎn)物分析區(qū)如使用全自動(dòng)分析儀,區(qū)域可適當(dāng)合并。
(5)緩沖區(qū)與沖洗區(qū)
整個(gè)區(qū)域有一個(gè)整體緩沖走廊。每個(gè)獨(dú)立實(shí)驗(yàn)區(qū)設(shè)置有緩沖區(qū),同時(shí)各區(qū)通過(guò)氣壓調(diào)節(jié),使整個(gè)PCR實(shí)驗(yàn)過(guò)程中試劑和標(biāo)本免受氣溶膠的污染并降低擴(kuò)增產(chǎn)物對(duì)人員和環(huán)境的污染。
可打開(kāi)緩沖區(qū)Ⅰ,緩沖區(qū)Ⅱ和 PCR 擴(kuò)增區(qū)的排風(fēng)扇往外排氣,在實(shí)驗(yàn)區(qū)的外墻上和各扇門(mén)上都安裝有風(fēng)量可調(diào)的回風(fēng)口,空氣通過(guò)回風(fēng)口向室內(nèi)換氣。外面有用于實(shí)驗(yàn)后消毒,消毒區(qū)域有專用清洗液和專用潔凈洗手池,以及消毒紙巾。
若房間進(jìn)深允許,可設(shè)PCR內(nèi)部專用走廊。需要指出的是在減少室內(nèi)外空氣交換方面,緩沖間比專用走廊更有意義。
各個(gè)區(qū)域之間應(yīng)具備單向的實(shí)驗(yàn)工藝流、物流、人流與氣流,形成單向流程的保護(hù)屏障,避免實(shí)驗(yàn)之間的相互干擾,防止核酸氣溶膠對(duì)實(shí)驗(yàn)過(guò)程造成污染產(chǎn)生假性結(jié)果。
PCR實(shí)驗(yàn)室建設(shè)
1、主體結(jié)構(gòu):
主體為彩鋼板、鋁合金型材。室內(nèi)所有陰角、陽(yáng)角均采用鋁合金50內(nèi)圓角鋁,從而解決容易污染、積塵、不易清掃等問(wèn)題。結(jié)構(gòu)牢固,線條簡(jiǎn)明,美觀大方,密封性好。
2、 標(biāo)準(zhǔn)的三區(qū)分隔和氣壓調(diào)節(jié):
將PCR過(guò)程分成試劑準(zhǔn)備、標(biāo)本制備和PCR擴(kuò)增、分析三個(gè)(或)四個(gè)獨(dú)立的實(shí)驗(yàn)區(qū)。整個(gè)區(qū)域有一個(gè)整體緩沖走廊。每個(gè)獨(dú)立實(shí)驗(yàn)區(qū)設(shè)置有緩沖區(qū),同時(shí)各區(qū)通過(guò)氣壓調(diào)節(jié),使整個(gè)PCR實(shí)驗(yàn)過(guò)程中試劑和標(biāo)本免受氣溶膠的污染并降低擴(kuò)增產(chǎn)物對(duì)人員和環(huán)境的污染。
可打開(kāi)緩沖區(qū)Ⅰ,緩沖區(qū)Ⅱ和 PCR 擴(kuò)增區(qū)的排風(fēng)扇往外排氣,在實(shí)驗(yàn)區(qū)的外墻上和各扇門(mén)上都安裝有風(fēng)量可調(diào)的回風(fēng)口,空氣通過(guò)回風(fēng)口向室內(nèi)換氣。
3、 消毒:
在三個(gè)實(shí)驗(yàn)區(qū)和三個(gè)緩沖區(qū)頂部以及傳送窗內(nèi)部安裝有紫外燈,供消毒用。在試劑準(zhǔn)備區(qū)和標(biāo)本制備區(qū) 還設(shè)置移動(dòng)紫外線燈,對(duì)實(shí)驗(yàn)桌進(jìn)行局部消毒。
4、 機(jī)械連鎖不銹鋼傳遞窗:
試劑和標(biāo)本通過(guò)機(jī)械連鎖不銹鋼(不建議使用電子連鎖方式)傳遞窗傳遞,保證試劑和標(biāo)本在傳遞過(guò)程中不受污染(人物分流)。
5、 地面
地面建議使用PVC卷材地面或自流坪地面,整體性好。便于進(jìn)行清掃,耐腐蝕。沒(méi)有條件的也可采用水磨石地面,或大塊的瓷磚(至少800mm×800mm)接縫需要小于2mm。
6、 照明
燈具要選用凈化燈具,能達(dá)到便于清洗、不積塵的特點(diǎn)。
PCR實(shí)驗(yàn)室可以是分散形式,也可以是組合形式。完成一組PCR實(shí)驗(yàn),通常應(yīng)經(jīng)過(guò)試劑配制、樣品處理、核酸擴(kuò)增及產(chǎn)物分析四個(gè)實(shí)驗(yàn)過(guò)程,若實(shí)驗(yàn)工藝需要,還應(yīng)增加樣品粉碎過(guò)程。
一、分散形式PCR實(shí)驗(yàn)室
所謂分散形式PCR實(shí)驗(yàn)室,是指完成上述實(shí)驗(yàn)過(guò)程的實(shí)驗(yàn)用房彼此相距較遠(yuǎn),呈分散布置形式。對(duì)于這種布置形式的PCR實(shí)驗(yàn)室,由于各個(gè)實(shí)驗(yàn)之間不易相互干擾,因此無(wú)需特殊條件要求。
二、組合形式PCR實(shí)驗(yàn)室
所謂組合形式PCR實(shí)驗(yàn)室,
是指完成PCR四個(gè)實(shí)驗(yàn)過(guò)程的實(shí)驗(yàn)用房相鄰布置,組成獨(dú)立實(shí)驗(yàn)區(qū)域的形式。對(duì)于組合形式PCR實(shí)驗(yàn)室,由于各個(gè)實(shí)驗(yàn)間集中布置,容易造成相互干擾,因此,對(duì)總體布局以及屏障系統(tǒng)具有一定的要求。各室在入口處設(shè)緩沖間,以減少室內(nèi)外空氣交換。試劑配制室及樣品處理室宜呈微正壓,以防外界含核酸氣溶膠的空氣進(jìn)入,造成污染;核酸擴(kuò)增室及產(chǎn)物分析室應(yīng)呈微負(fù)壓,以防含核酸的氣溶膠擴(kuò)散出去污染試劑與樣品。
如果使用熒光PCR儀,擴(kuò)增室和產(chǎn)物分析室可以合并。
若房間進(jìn)深允許,可設(shè)PCR內(nèi)部專用走廊。需要指出的是在減少室內(nèi)外空氣交換方面,緩沖間比專用走廊更有意義。
各個(gè)區(qū)域之間應(yīng)具備單向的實(shí)驗(yàn)工藝流、物流、人流與氣流,形成單向流程的保護(hù)屏障,避免實(shí)驗(yàn)之間的相互干擾,防止核酸氣溶膠對(duì)實(shí)驗(yàn)過(guò)程造成污染產(chǎn)生假性結(jié)果。
實(shí)驗(yàn)室的墻體,包括頂棚,應(yīng)結(jié)構(gòu)牢固、氣密性好;所有陰角宜采用圓弧形線條過(guò)渡;墻體內(nèi)壁光潔、不吸附、耐腐蝕、易清洗消毒;地面材料應(yīng)滿足無(wú)縫隙、無(wú)滲漏、光潔、耐腐蝕的要求.。
PCR實(shí)驗(yàn)室各區(qū)域管理規(guī)定:
試劑準(zhǔn)備區(qū)工作制度
一、實(shí)驗(yàn)人員進(jìn)入該區(qū)須更換工作服,穿本區(qū)專用綠色工作服, 戴帽子、口罩及更換專用拖鞋。
二、實(shí)驗(yàn)員在試劑準(zhǔn)備區(qū)接收標(biāo)本、準(zhǔn)備實(shí)驗(yàn)用的試劑。
三、實(shí)驗(yàn)員每天收齊標(biāo)本,驗(yàn)收登記后,將標(biāo)本通過(guò)傳遞 窗送入標(biāo)本制備區(qū)。 四、在試劑準(zhǔn)備區(qū)配置好試劑后放入冰箱內(nèi)備用。需要時(shí)
通過(guò)傳遞窗送入標(biāo)本制備區(qū)。
五、每天的標(biāo)本及配置的試劑須登記記錄,應(yīng)書(shū)寫(xiě)工整詳 細(xì),使用本區(qū)專用的、帶有本室標(biāo)識(shí)的記錄本、紙和筆。
六、將本區(qū)廢棄物裝入本室垃圾袋中,有專人將垃圾帶出 實(shí)驗(yàn)室交醫(yī)院集中處理。
七、實(shí)驗(yàn)后須使用含氯消毒液及75%的乙醇擦拭實(shí)驗(yàn)臺(tái) 面,紫外燈消毒30分鐘,記錄紫外燈、冰箱、離心機(jī)等儀器的使用情況。
標(biāo)本制備區(qū)工作制度
一、實(shí)驗(yàn)人員進(jìn)入該區(qū)須更換工作服,穿上本區(qū)專用藍(lán)色工作服, 戴帽子、口罩及更換專用拖鞋。
二、把已準(zhǔn)備好的試劑放入冰箱試劑存放專區(qū)暫存。
三、記錄溫濕度計(jì)讀數(shù)、冰箱的溫度。
四、嚴(yán)格按照SOP文件及試劑盒要求進(jìn)行實(shí)驗(yàn)操作,加樣好的PCR 管須通過(guò)傳遞窗送入擴(kuò)增及產(chǎn)物區(qū)。
五、使用本區(qū)專用的移液器及吸頭,使用過(guò)的離心管、吸頭須置于 盛有含氯消毒液的廢液缸中,實(shí)驗(yàn)完畢后及時(shí)處理。將本區(qū)廢棄物裝入本室垃圾袋中,有專人將垃圾帶出實(shí)驗(yàn)室交醫(yī)院集中處理。
六、使用本區(qū)專用的帶有本區(qū)標(biāo)識(shí)的記錄本、紙和筆,其他區(qū)的用 品不得帶入本區(qū)。
七、實(shí)驗(yàn)完畢關(guān)閉所有儀器,記錄儀器使用時(shí)間和運(yùn)行狀態(tài)。
八、實(shí)驗(yàn)后須使用含氯消毒液及75%的乙醇擦拭實(shí)驗(yàn)臺(tái) 面,紫外燈消毒30分鐘,記錄紫外燈、冰箱、離心機(jī)等儀器的使用情況。
擴(kuò)增及產(chǎn)物分析區(qū)工作制度
一、實(shí)驗(yàn)人員進(jìn)入該區(qū)須更換工作服,穿上本區(qū)專用粉紅色 工作服,戴帽子、口罩及更換專用拖鞋。
二、記錄溫濕度計(jì)讀數(shù)、冰箱的溫度。
三、本區(qū)主要進(jìn)行目的基因的擴(kuò)增及分析,須熟悉各擴(kuò)增儀 的使用,擴(kuò)增分析完后,記錄結(jié)果。
四、得到當(dāng)天室內(nèi)質(zhì)控結(jié)果后,及時(shí)記錄在室內(nèi)質(zhì)控圖上并 進(jìn)行分析。
五、試驗(yàn)完畢后關(guān)掉擴(kuò)增儀,記錄儀器使用時(shí)間和運(yùn)行狀態(tài)。
六、每周由實(shí)驗(yàn)室負(fù)責(zé)人對(duì)進(jìn)行清潔維護(hù)并記錄。
七、擴(kuò)增分析完后的反應(yīng)管,須裝入本室垃圾袋中,有專人 將垃圾帶出實(shí)驗(yàn)室交醫(yī)院集中處理。
八、使用本區(qū)專用的帶有本區(qū)標(biāo)識(shí)的記錄本、紙和筆,其他區(qū)的用 品不得帶入本區(qū)。
九、實(shí)驗(yàn)后須使用含氯消毒液及75%的乙醇擦拭實(shí)驗(yàn)臺(tái)面,紫外燈消毒30分鐘,記錄紫外燈、冰箱、離心機(jī)等儀器的使用情況。
PCR實(shí)驗(yàn)室在操作時(shí)應(yīng)注意事項(xiàng)
PCR(基因擴(kuò)增實(shí)驗(yàn)室)檢測(cè)微量感染因子時(shí),操作人員容易因?yàn)槲廴径鴮?dǎo)致各種問(wèn)題。進(jìn)行PCR操作時(shí),操作人員一定要嚴(yán)格遵守一些操作規(guī)程,最大程度地降低可能出現(xiàn)的PCR污染事故的發(fā)生。
一、PCR實(shí)驗(yàn)室劃分操作區(qū):
目前,對(duì)于普通PCR,業(yè)內(nèi)還無(wú)法做到單人單管和實(shí)現(xiàn)完全封閉管理操作,但無(wú)論是否能夠達(dá)到單人單管,均要求實(shí)驗(yàn)操作在三個(gè)不同的物理區(qū)域內(nèi)進(jìn)行,PCR的前處理和后處理一定要設(shè)計(jì)在不同的隔離區(qū)內(nèi)進(jìn)行:
1、標(biāo)本處理區(qū),包括: 擴(kuò)增摸板制備;
2、PCR擴(kuò)增區(qū),包括: 反應(yīng)液的配制和PCR基因擴(kuò)增;
3、產(chǎn)物分析區(qū),包括:凝膠電泳分析,產(chǎn)物拍照及重組克隆制備。
各工作區(qū)要具有一定的隔離,操作器材要專用,而且要有一定方向性,如,標(biāo)本制備→PCR擴(kuò)增→產(chǎn)物分析→④產(chǎn)物處理。切記:產(chǎn)物分析區(qū)的產(chǎn)物及器材嚴(yán)禁拿到前后兩個(gè)工作區(qū),避免交叉污染。
二、PCR實(shí)驗(yàn)室試劑分裝要求:
PCR擴(kuò)增所需要的試劑均應(yīng)在裝有紫外燈的負(fù)壓工作臺(tái)或超凈工作臺(tái)進(jìn)行配制和分裝,所有的吸頭和加樣器都需固定放于其中,吸頭不能用來(lái)吸取擴(kuò)增后的DNA和其它來(lái)源DNA:
1、PCR用水應(yīng)為高壓的雙蒸水;
2、引物和d-NTP用高壓的雙蒸水在無(wú)PCR擴(kuò)增產(chǎn)物區(qū)配制;
3、引物和d-NTP應(yīng)分裝儲(chǔ)存,分裝時(shí)應(yīng)標(biāo)明分裝時(shí)間,以備發(fā)生污染時(shí)及時(shí)查找原因和追溯污染源頭;
三、PCR擴(kuò)增重要標(biāo)準(zhǔn)
1、PCR實(shí)驗(yàn)靈敏度
PCR實(shí)驗(yàn)靈敏度:是指PCR擴(kuò)增反應(yīng)能夠檢測(cè)到目的基因的最小值。研究結(jié)果表明,影響PCR擴(kuò)增效率的因素,有模板的完整性、反應(yīng)溫度、復(fù)雜程度、引物純度及其與模板結(jié)合效率、DNA聚合酶的熱穩(wěn)定性與擴(kuò)增性能、反應(yīng)緩沖液的離子組成(主要指: 陽(yáng)離子)、反應(yīng)優(yōu)化劑等,這些因素都顯著影響
PCR實(shí)驗(yàn)檢測(cè)靈敏度。在最佳擴(kuò)增條件下,常規(guī)PCR反應(yīng)能夠檢測(cè)到pg(10~12g)數(shù)量級(jí)目的基因。對(duì)于一個(gè)特定的目的基因,模板與引物通常都是已經(jīng)限定好的因素。因此,選擇什么樣的PCR反應(yīng)體系(包括DNA聚合酶與反應(yīng)緩沖液等)就是研究者提高PCR實(shí)驗(yàn)靈敏度的關(guān)鍵因素了。
2、PCR實(shí)驗(yàn)特異性
PCR實(shí)驗(yàn)特異性:是指在PCR擴(kuò)增過(guò)程中,專一性擴(kuò)增目的片段而非其他
片段的性能。
在PCR實(shí)驗(yàn)本身的靈敏度很高,且實(shí)驗(yàn)條件未充分優(yōu)化的情況下,通常會(huì)在目的片段出現(xiàn)同時(shí)伴隨有其它雜帶,即發(fā)生非特異性擴(kuò)增現(xiàn)象。模板、引物性質(zhì)及質(zhì)量、反應(yīng)條件控制等均會(huì)影響PCR擴(kuò)增特異性。近年來(lái)的研究結(jié)果表明,緩沖液品質(zhì)(如反應(yīng)優(yōu)化劑、離子種類與組成等)對(duì)保證PCR特異性擴(kuò)增起著重要作用。
3、PCR靈敏性和特異性關(guān)聯(lián)
PCR實(shí)驗(yàn)靈敏度與特異性是一對(duì)此長(zhǎng)彼消特性,這也決定我們實(shí)驗(yàn)體系調(diào)節(jié)實(shí)際上就是需要找到適合實(shí)驗(yàn)靈敏度與特異性的平衡點(diǎn)。由于PCR體系中的成分眾多,使得組合較多,篩選工作也就相對(duì)繁雜。四、PCR實(shí)驗(yàn)操作注意事項(xiàng):
盡管PCR擴(kuò)增序列的殘留污染大部分是假陽(yáng)性反應(yīng)導(dǎo)致的,但樣品間的交叉污染也是常見(jiàn)原因之一。因此,不僅要在進(jìn)行擴(kuò)增反應(yīng)時(shí)要謹(jǐn)慎對(duì)待,在樣品的收集、抽提和擴(kuò)增的所有環(huán)節(jié)都應(yīng)謹(jǐn)慎操作,一般需做到以下幾點(diǎn):
1、戴一次性手套,若不小心濺上反應(yīng)液,應(yīng)立即更換手套;
2、避免反應(yīng)液飛濺,若不小心濺到手套或桌面上,應(yīng)立刻更換手套并用稀酸擦拭桌面;
3、使用一次性吸頭,嚴(yán)禁與PCR產(chǎn)物分析室的吸頭混用,吸頭不要長(zhǎng)時(shí)間暴露于空氣中,避免空氣中氣溶膠的污染;
4、操作多份樣品時(shí),制備反應(yīng)混合液,先將dNTP、緩沖液、引物和酶混合好,然后再分裝,這樣既可以減少操作次數(shù),避免污染,又可以增加反應(yīng)的精確度;
5、最后加入反應(yīng)模板,加入后蓋緊反應(yīng)管;
6、操作時(shí)設(shè)立空白對(duì)照和陰陽(yáng)性對(duì)照,既可驗(yàn)證PCR反應(yīng)的可靠性,又可
以協(xié)助判斷擴(kuò)增系統(tǒng)的可信性;
7、由于實(shí)際操作時(shí)加樣器很容易受產(chǎn)物氣溶膠或標(biāo)本DNA的污染,所以操作者最好使用高壓處理過(guò)的或可替換的加樣器。 假如沒(méi)有這種特殊的加樣器,至少在PCR操作過(guò)程中加樣器應(yīng)該專用,嚴(yán)禁交叉使用,尤其是PCR產(chǎn)物分析所用加樣器不能拿到其它兩個(gè)相鄰區(qū)域使用;
8、重復(fù)實(shí)驗(yàn),驗(yàn)證結(jié)果,慎下結(jié)論。
五、綜述:
由于PCR實(shí)驗(yàn)操作非常專業(yè),在設(shè)計(jì)PCR基因擴(kuò)增實(shí)驗(yàn)室時(shí)設(shè)計(jì)師也要充分考慮上述技術(shù)要求,避免PCR實(shí)驗(yàn)室在后續(xù)使用時(shí)出現(xiàn)返工、返修問(wèn)題。